Cuando San Ceferino ascendió al Pontificado, en el año 199, nombró a Calixto superintendente del cementerio cristiano de la Vía Apia, que se llama actualmente cementerio de San Calixto. Se dice que el santo ensanchó el cementerio y suprimió los terrenos privados; probablemente fue esa la primera propiedad que poseyó la Iglesia. San Calixto fue ordenado diácono por San Ceferino y llegó a ser su íntimo amigo y consejero.
Chapman llega a decir que el santo fue una gran defensor de la sana doctrina y de la disciplina.
San Calixto fue sepultado en la Vía Aurelia, probablemente martirizado.