La Imagen santa y venerada, fue traída desde la Antigua Guatemala en el año de 1683 por Fray Antonio de Margil de Jesús, este fraile peregrino que vino por segunda vez al convento de la Santa Cruz de los Milagros como Guardian, trajo consigo solo tres cosas muy preciadas, su bordón, su breviario y un Santo Cristo, esperando el sustento de la Divina Providencia.
El santo Cristo que traía consigo y sirvió muchas de las veces para misionar, catequizar o hacer oración lo traía para su convento de Querétaro, de cual fue cofundador.
El Señor de Esquipulas, es colocado, durante su festividad, al centro del altar mayor, permanece ahí durante toda la cuaresma y vuelve a la capilla de la Asunción el día Miércoles Santo. El Señor de Esquipulas es originario de Guatemala. La devoción a este Cristo tuvo su mayor auge en el año de 1850 en que los indígenas concheros, descendientes de los mayas, empezaron a rendirle culto y años mas tarde por 1984 fue creciendo el numero de mezas y danzas.
En el año de 1985, Fray Pedro Esquivel, mando hacer en madera de sabino un Señor de Esquipulas, con el fin de preservar y conservar el original, este se saca en las procesiones de Semana Santa y en la Procesión del Silencio.
La festividad del Señor de Esquipulas se festeja cada año el domingo anterior al miércoles de Ceniza. Este año el novenario se realiza del 18 al 26 de febrero, y su festividad será el próximo domingo 27 de febrero de 2022, en el Templo de la Santísima Cruz de los Milagros, teniendo el siguiente programa:
5:30 a.m. Mañanitas
6:00 a.m. Misa de Aurora
6:00 p.m. Celebración Eucarística Preside el P. Fr. Martin Arriaga, OFM