Querétaro quedó ubicado en esa franja que separa a los nómadas de los sedentarios. Por esta razón, la entidad tuvo migraciones de las dos partes que impidieron fijar elementos culturales propios. Es casi seguro que los primeros pobladores se hayan establecido en la Sierra Gorda. Habitaron los pequeños valles entre las montañas. Al principio, eran cazadores y recolectores; después, agricultores y mineros. Las poblaciones más importantes fueron Ranas y Toluquilla. Sus vasijas y figurillas tuvieron gran influencia Olmeca. Los minerales explotados eran la plata, el plomo, la fluorita, el mercurio y el cinabrio. Otras tribus prefirieron las tierras fértiles de los valles queretanos, favorecidas por el riego. Esta zona fue más poblada.
Por los restos óseos encontrados en la Cueva de San Nicolás, es un cerro próximo a San Juan del Río, se supone que las tribus ya estaban ahí entre los 2 500 y 1 500 años. (a EN.) En esta misma región se han hallado objetos de barro para el uso doméstico, y de piedra como metales y molcajetes. Las ruinas de centros ceremoniales y de otras construcciones localizadas en el Barrio de la Cruz, El Rosario y Las Peñitas, en el municipio de San Juan del Río, y las de El Pueblito, en el de Corregidora , nos dan pie para deducir que esos lugares fueron cuna de culturas con alto grado de desarrollo, con clara influencia teotihuacana. La principal actividad en estos valles fértiles, por supuesto, fue la agricultura. Donde fue necesario, construyeron terrazas. Introdujeron el riego. El auge y la decadencia de todos estos pueblos estuvieron vinculados tanto a los yacimientos mineros como al ocaso de las tribus guerreras que merodeaban por la región.
Gracias a los estudios de los antropólogos se sabe que los habitantes de Ranas y Toluquilla mantuvieron comunicación más o menos frecuente con los teotihuacanos, huastecos y la cultura del Tajín; en su cerámica y escultura se nota cierta influencia de dichas culturas. Entre los pobladores de la región de los valles del sur de la entidad, la penetración de teotihuacanos y toltecas dejó huellas en su cerámica y arquitectura.
De acuerdo con los vestigios localizados en diversos sitios localizados en diversos sitios, al perecer fue hasta mucho tiempo después de la llegada de los primeros pobladores a territorio queretano, cuando se inicio la conformación de una civilización con rasgos más o menos comunes. Hasta aproximadamente 600 a 900 años de nuestra Era oleadas de grupos otomíes invadieron territorio de los valles queretanos. Se impusieron sobre los grupos allí establecidos para iniciar así un proceso de aculturación mutua. A partir de este acontecimiento, se inició una nueva etapa en la evolución de los pueblos primitivos.
Mientras eso sucedía en la región sur del territorio, la parte norte y media se veían afectadas por una serie de fenómenos climatológicos que obligaron a buena parte de sus habitantes, a emigrar hacia otros rumbos. Una prolongada seguía arruinó los cultivos; los alimentos escasearon, la actividad minera decayó y por si eso fuera poco la región fue paulatinamente invadida por grupos de nómadas provenientes de Árido América. Como consecuencia, los importantes centros de Ranas, Toluquilla, Quirimbal y otros más, frenaron su desarrollo. De esta manera, la frontera mesoamericana sostenida por dichos pueblos empezó a decaer.
A los habitantes serranos se les presentó una alternativa: quedarse en su lugar de origen a convivir con los invasores u optar por salir en busca de mejores condiciones de vida. Unos eligieron la primera opción e iniciaron un mestizaje que los convirtió en sedentarios. Situación que prevaleció en buena parte de esos grupos hasta después de la llegada de los españoles a la región.